Les écosystèmes principaux selon les critères de Massa et Schenk (1980) sont :

• Côtes et petites îles
  Les zone littorales (plage, ante-dune, dune, rétro-dune) hébergent des espèces psammophiles (vivant sur le sable), tandis que rochers, falaises rocheuses et zones arides et/ou rocheuses abritent les garrigues.

• Zones humides côtières
  Elles sont composées d'étangs, marécages, salines et lagunes situées à proximité des côtes dont la Sardaigne est très riche. Les espèces végétales en mesure de s'adapter à l'eau saumâtre (halophytes) se substituent graduellement aux plantes d'eau douce (hydrophytes).

• Maquis méditerranéen
  Constitué d'arbres et arbustes sclérophylles (à feuilles raides), le maquis représente l'élément prédominant et caractéristique du paysage. Les espèces dominantes en sont le chêne-vert, le genévrier, la bruyère, l'arbousier, l'olivier, le caroubier, le lentisque, le ciste, l'euphorbe, le genêt, le laurier, le laurier-rose et le poivrier.

• Fleuves et lac intérieurs
  Comprenant fleuves, ruisseaux et lacs artificiels. Les écosystèmes de ces milieux frais ressentent fortement les effets des cycles saisonniers et de l'altitude et accueillent diverses associations de plantes en relation à ces facteurs.

• Bois et forêts
  L'importance de quelques unes de ces formations, un temps nombreuses en Sardaigne, peut encore se constater dans les zones de montagnes et de collines du centre et du nord. Les forêts à feuilles persistantes sont les plus caractéristiques, suivies des chênaies à feuilles caduques, des châtaigneraies et des forêts de chênes-lièges. Ces forêts sont des témoins de la flore du tertiaire. Les pinèdes, quant à elles, sont d'origine anthropique (action de l'homme).

• Montagne
  Cet environnement, caractérisé par des arbustes de petite taille et d'espèces hydrophytes le long des torrents, est toutefois peu représentatif en raison de la relative modestie des reliefs de la Sardaigne, mais est intéressant pour les nombreuses espèces endémiques ou rares qu'il héberge.